Родился в бедной крестьянской семье в Кызылтауской волости Керекуского уезда нынешней Павлодарской области. Окончил русско-казахскую школу, Семипалатинскую учительскую семинарию (1918). В 1917-1919 гг. входил в состав алашординской организации. Однако впоследствии перешел на сторону революции, активно участвовал в организации Советов, в 1920 г. вступил в ряды РКП (б). Избирался делегатом учредительного съезда Советов Казахстана, членом коллегии Наркомпроса КазССР, руководил губернским отделом народного образования, был сотрудником газет «Казак, тілі» и «Ақ жол», работал учителем и директором педтехникума в г. Чимкенте (1926-1929).

Ж.Аймауытов—первый переводчик на казахский язык пролетарского гимна «Интернационал». В годы сталинского культа был репрессирован. Посмертно реабилитирован в 1988 г. Ныне восстановлена его общественно-политическая, научно-педагогическая и литературная деятельность.

Аймауытов — автор более десяти книг и сотни научных публикаций, художественных книг (романов, поэм, пьес и др.), учебников и учебных пособий по педагогике, эстетике.

В 1924 г. для учителей (мугалимов) четырехлетних и семилетних школ, для слушателей педагогических учебных заведений издает учебное пособие «Педагогическое руководство» (Оренбург). В 1926 г. выпускает сразу две книги по психологии: «Психология и выбор профессии» (Москва), и «Психология» (Кызыл-Орда — Ташкент). В 1929г. в Кызыл-Орде выходит его книга «Методы комплексной системы преподавания». Эти книги Ж.Аймауытова и поныне представляют несомненный интерес для истории психологической науки в плане создания национальной терминологии и освещения отдельных психологических проблем, отличаются созвучностью с современными задачами этой науки.

Высокой оценки заслуживает вклад Ж.Аймауытова в создание казахской психологической терминологии. Особо значимыми являются этно­психологические толкования различных аспектов казахской литературы и лингвистики (ученый — создатель литературных норм казахского языка, его национального колорита и эстетических красок, изящества стиля). Перу Аймауытова принадлежит немало трудов и по вопросам обучения и воспитания.