Родился в г. Ташкенте, в семье толмача (переводчика). Окончил реальное училище в г. Ташкенте, в 1912 г. — Петербургскую военно-медицинскую академию. В 1917 г. избирался членом Бухарского, Ташкентского областного, затем краевого Совета рабочих и солдатских депутатов.

В 1919 г. выдвинут на пост народного комиссара здравоохранения Туркестанской республики, в 1920 г. назначен наркомом земледелия, в 1921-1922 гг. был постоянным представителем Туркестанской республики в Москве, членом коллегии Наркомнаца, в 1923-1924 гг. — член Средазбюро ЦК РКП (б), ответственный секретарь ЦК Компартии Туркестана; в 1925-1928гг. — член Президиума и заместитель секретаря ВЦИК, профессор Московского государственного университета, ректор Института востоковедения им. Я.Я. Нариманова, в 1931-1933 гг. — народный комиссар здравоохранения Казахской АССР, в 1933-1937гг. – заместитель председателя Казахской базы (затем Казахского филиала) Академии наук СССР, один из инициаторов создания педагогического и медицинского институтов.

В 1935 г. вышла его книга «Прошлое Казахстана в источниках и материалах». С.Асфендияров принимал активное участие в деле просвещения, опубликовал несколько научно-исследовательских статей, в которых поднимались кадровые вопросы, указывалось на необходимость повышения роли учителя в деле поднятия культуры на селе, говорилось о проблемах родного языка, терминологии.

Репрессирован в период культа личности. Реабилитирован после XX съезда КПСС.